Bir yapı mühendisi olan Michael Scofield (Wentworth Miller) Başkan Yardımcısı'nın kardeşini öldürmek suçuyla idam cezasına çarptırılan ağabeyi Lincoln Burrows'u (Dominic Purcell) kurtarmak için bütün hukuki yolların tükendiğini farkedince işi kendisi halletmeye karar verir ve kusursuz bir hapisten kaçış planı hazırlar. Sonrasında göstermelik bir banka soygunu düzenler ve cezaya çarptırılır. Bu planların hepsini şüphenelinmeyecek biçimde vücutuna dövemsini yaptırır. Sağlık sorunlarını bahane eden Michael, abisinin de olduğu Fox River Eyalet Hapishanesi'ne gönderilir.