Warehouse 13 dizisi, iki gizli servis ajanının Amerika Birleşik Devletleri Başkanı'nı terörist bir saldırıdan kurtardıktan sonra Warehouse 13 (Depo 13) adlı gizli bir departmana transfer edilmeleriyle başlıyor. Güney Dakota'nın ıssız ve gizli bir bölgesinde bulunan bu depoda, devlet tarafından ele geçirilen bir takım garip ve gizemli nesneler incelenmektedir. Bu iki ajanın görevide devlet tarafından istenen bu esrarengiz nesneleri depoya getirmek ve gizemini çözmektir. Ajanlardan Pete, kural tanımaz ve meraklı bir yapıya sahipken ortağı Myka, Pete'in tam aksine kuralcı ve dikkatlidir. Bu iki zıt karakter, bir şekilde birbirlerini tamamlayarak görevlerini sürdürüyorlar.