Sydney Bristow, üniversitenin ilk yılında CIA'in gizli kolu olduğuna inandığı SD-6 isimli bir örgütte çalışmaya başlar. Fakat nişanlısının SD-6 tarafından öldürülmesi ile SD-6’nın aslında devlete düşman olan ülkeler ve gruplar için çalışan bir anti-devlet örgütü olduğunu öğrenir. Sydney bu örgütü alt edebilmek ve intikam alabilmek amacıyla CIA ile çalışmaya başlar. O bundan böyle çift taraflı bir ajandır. Sydney, bir yandan sırlarla dolu hayatını arkadaşlarından gizlemeye çalışırken, diğer yandan da çeşitli rakip ajanlarla, terörist gruplarla ve hainlerle savaşır.