Danny Phantom, 14 yaşında, Casper Lisesi'ne giden ve popüler olmayan bir çocuğun hayatını ve maceralarını anlatmaktadır. Hayalet avcısı ebeveynleri ve ablasıyla beraber yaşamaktadır. En yakın arkadaşları Sam ve Tuck'ın isteği üzerine ailesinin hayalet portalına girer. Yanlışlıkla bir düğmeye basar ve DNAsını ektoplazma ile değiştiren bir şoka kapılır. Böylece hayalet çocuğa dönüşür. Danny -kendine Danny Phantom demektedir- hayalet halinde uçabilmekte, görünmez olabilmekte ve vücudunu maddelerden geçirebilmektedir. Sonralarda gücünü kontrol etmeyi öğrendikçe yeni güçler keşfeder. Danny önceleri hayalet güçleri hakkında panikler ama sonra güçleriyle kendini kötü hayaletlerden koruyabildiğini farkeder. Yemekçi Kadın Hayaletini altettikten sonra Danny hayatını süper kahraman hayatına çevirir ve güçlerini yaşadığı yer olan Amity Park'ı çeşitli hayaletlerden korumaya adar. Danny'nin en iyi arkadaşları teknofil Tucker Foley ve gotik-ultra çevreci-vejetaryen Samantha(Sam) Manson Danny'i destekler ve ona hayaletle savaşmada yardım ederler. Hayaletlerin dışında Danny'nin hayalet avcısı Valerie Gray ve diğer yarı hayalet Vlad Masters/Plasmius gibi sorunları da vardır. Hatta hayaletleri topluma karşı bir tehdit olarak gören kendi ailesi bile onun için bir tehdittir. Sonuç olarak Danny hayatını okul arkadaşlarından, öğretmenlerinden ve ailesinden saklamaktadır. Bunun sonucunda Danny yavaş yavaş potansiyelini anlar ve iki dünya da -Dünya ve Hayalet Bölgesi- onu koruyucuları olarak kabul etmeye başlar.