Anteiku’ya düzenlenen operasyonun üzerinden iki yıl geçmiş, kendilerini insanlığın en büyük tehdidi ghoul’larla savaşmaya adayan CCG’nin etkisi Tokyo’da önemli ölçüde görülmüş durumdadır. Ancak kendilerini gizlemekte usta olan Aogiri Tree gibi gruplar hala varlıklarını sürdürmektedir. CCG’nin ise elinde bu kez çok güçlü ve bir o kadar da tehlikeli bir silahı var: Kagune implante edilerek ghoul güçleri kazandırılmış yarı ghoul yarı insan bir ekip, Quinx Squad… Ekibin lideri olarak karşımıza çıkan kişi ise ana karakterimiz Haise Sasaki’den başkası değil.