Sıradan insanlardan farklı olarak türlü üstün yeteneklere sahip olan insanlara “mutant” denmekte ve yetenekleri sebebiylen toplumdan dışlanmaktadırlar. Psişik mutant Charles Xavier’da, ergenlik sürecinde güçleri ortaya çıkan bu bireylere, güçlerini kontrol edebilmeyi öğretip, sıradan insanlar ile barış içerisinde yaşamasını hedeflemek adına Xavier Enstitüsünü kurmuştur. Enstitünün yetişkin mutantlardan oluşan X-Men ekibi ise gerek mutantların gerekse insanları, büyük tehlikelere karşı korumayı hedeflemektedir. Ekibin değerli üyesi Jean Grey, başka bir mutant topluluğunun etkisinde kalarak Phoneix adlı güçlü mutanta dönüşerek yeryüzündeki tüm canlıları tehdit etme noktasına gelir. Ekip onu durdurmaya çabalarken bir anlığına Jean Grey benliğine geri dönen Phoneix, kendini yakarak intihar eder.Bu trajik olaydan sonra ise Xavier Enstitüsü kapılarını kapatır ve X-Men’de dağılır. Yaşananlardan bir sene sonra Xavier’a gelen bir telefon ile eski X-Men ekibinden geri kalanların tekrar toplanması söz konusu olur; Profesörün, Japonya’da ikamet eden dostlarının mutant kızları kaçırılmıştır. Üstelik Xavier’ın yeryüzündeki mutantlara psişik olarak ulaşmasını sağlayan makinesi de tuhaf bir şekilde, Japonya bölgesindeki mutantlara dair sinyal verdirememektedir...